Cuando yo me aburrí de los CFW, que fue hace mucho tiempo y estoy muy contento de haberlo hecho. Tienes que tener en cuenta lo siguiente:

PS3 sí guarda un listado de las últimas aplicaciones/juegos utilizados. EraseMe como comentabas, fue la que usé en su momento, pero esa debes dejarla al final del proceso.

Primero, debes eliminar todos tus backups, desde tu loader, ya que no hay forma de borrarlos con el OriginalFirmWare por lo que no debes pasar esto por alto. Ya que tendrías mucho espacio inaccesible en tu disco duro por archivos que no podrás usar en un FW oficial.

También procura eliminar las carpetas y archivos creados por aplicaciones y backups que pueden tener imágenes o algunos archivos innecesarios que de la misma forma no vas a poder utilizar. 

En mi caso, después de hacer eso, usé Erase Me y simplemente actualice a un OFW, en su momento no recuerdo cuál fue, pero lo que yo quería era conservar los juegos y cuentas que siempre tuve, esto con el fin de conservar los juegos de Rebug que se pudieron descargar directamente de la Store sin tener que pagar.

Aún conservó las cuentas de siembre y jamás he tenido que formatear el disco duro del PS3 y siempre ha funcionado excelente, no me han baneado y todos los juegos originales que he comprado sirven excelente.

Lo que sí a veces me hace quejarme es que 160GB no alcanzan, pero nada como borrar algo e instalar lo otro. Nada complicado, y tengo música, películas y demás sin problemas.

Por tu lado si prefieres volver a 3.55 y formatear para que sea extremadamente limpia tu actualización a un OFW, pues sólo estarás más limpio y sin archivos innecesarios.

Buena suerte.