Es solo una recomendación, es para no perder los datos privados que no se pueden recuperar después del cambio (es como cuando haces un formateo a la PS3, es lo mismo). Si quieres, puedes empezar de 0 como si te la trajeran de la fabrica, o hacer un respaldo de tus cosas y después re-transferirlos al nuevo Disco duro (después de instalarlo obviamente).

No va a pasar nada si es que no haces un respaldo, ya que este solo copia los datos privados (archivos multimedia o savegames) pero nada del sistema operativo, aso que no le pasará nada.

Saludos