Antes de poder ayudarte necesito saber si tu consola es FAT, Slim o Súper Slim, yo creo que es Fat ya que es el que mas problemas trae respecto a los otros 2 modelos, sin embargo, si es Slim... Entonces es grave y tal vez no le quede mucho tiempo de vida.
Aun así, yo creo que tiene que ver que unos de las Rams está jodida, o que algún componente de la Placa madre... En otras palabras, debe ser un problema de HardWare y deberás de llevar al técnico o al SAT de Sony.

Igual puedes probar todas las opciones del Menú Recovery, a lo mejor lo solucionas.
Lo siento pero a mi no me ah pasado eso... Solo se ah puesto lento con el GTA pero esto es porque lo tengo con Mods y hay veces que lo sobrecargo (sin contar de que el disco duro lo tengo en un ESATA station conectado con un ESATA USB y no directamente a la consola en su ranura original, con el ESATA tengo hasta 5 MB/s de transferencia, así que igual seria notorio cuando se pone lento).
No creo que esos 2 casos que presentaste sean la causa, mucho menos lo del juego, ya que solo toca la carpeta "SaveGame" y no la Carpeta del Data Base, a lo mas, tendrías que hacer una partida nuevo, pero a que te ponga la PS3 muy lento no lo creo... El segundo caso puede ser si solo la PS3 estaba leyendo o escribiendo en el disco duro (Cuando la Led amarilla esta parpadeando) pero igual puede ser remota la posibilidad de que estuviera leyendo o escribiendo en la Base de datos.

Saludos y suerte