Tienes que formatear tu disco duro en fat32 de ahi tienes que hacer carpetas, en la raiz va PS3 (nombre en mayusculas), dentro de ella ya metes las carpetas con multimedia, MUSIC,PHOTO,VIDEO,THEME, ahi es donde metes el contenido segun el tipo de dato, lo que puedes hacer es convertir tu mkv a mp4HD, o si no puedes hacer un servidor multimedia con tu pc y conectar la PS3 mediante wifi o ethernet, con el programa PS3 Media Server y con ese puedes cargar tus mkv, este programa lo que hace con ese tipo de archivos es que los codifica para que la ps3 sea capaz de reproducirlos.